Myeloid Gene Panels
UK NEQAS for Leucocyte Immunophenotyping - Myeloid Gene PanelsStudio dei pannelli genetici per la Leucemia Mieloide Acuta
Sperimentale
Obiettivi del programma: stabilire la capacità del laboratorio di definire accuratamente lo stato mutazionale di un pannello esteso di marcatori genetici associati alla Leucemia Acuta Mieloide (LAM), con tecniche di sequenziamento molecolare ad alta efficienza.
Background clinico-scientifico: le neoplasie mieloidi sono un gruppo assai eterogeneo di malattie, caratterizzate da un alto grado di sovrapposizione nelle loro caratteristiche biologiche e genetiche. I dati genetici sono sempre più importanti per la distinzione e la corretta classificazione di queste malattie, e sono fortemente rilevanti in tutti gli aspetti della gestione clinica dei pazienti, riguardo a diagnosi, prognosi e trattamenti terapeutici. Inoltre, la conoscenza dei dati genomici permette l’accesso a trial clinici sui nuovi farmaci e costituisce un elemento utile per la valutazione della malattia misurabile residua. La crescente importanza di questi indicatori è fortemente valorizzata sia nella 5a edizione della classificazione WHO1 che nelle linee-guida ICC20222.
I metodi di sequenziamento molecolare ad alta efficienza si sono fortemente evoluti e il loro utilizzo per lo studio di estesi pannelli genici in campo clinico necessita la disponibilità di sistemi di External Quality Assessment e Proficiency Testing (EQA/PT). I programmi EQA/PT di UK NEQAS sulla diagnostica molecolare hanno seguito questa evoluzione, rendendo nel tempo disponibili schemi adatti a controllare l’analisi di pannelli genici in NGS.
A chi è rivolto il programma: la partecipazione a questo programma di External Quality Assessment (EQA) è raccomandata ai laboratori che impiegano qualsiasi sistema di sequenziamento ad alta efficienza basato su DNA, nello studio dello stato genetico delle neoplasie mieloidi. Si prega di notare che questo programma può distribuire DNA genomico o materiale genetico estratto da pazienti, ma processato oltre 48 ore dopo il prelievo. Il materiale distribuito non è pertanto adatto ad essere impiegato in analisi basate su RNA/trascrittoma. Se il metodo utilizzato dal partecipante impiega RNA come sorgente primaria di materiale genetico, si è pregati di contattare per informazioni admin@ukneqasli.co.uk.
Tutte le comunicazioni tra il partecipante e il provider UK NEQAS di Sheffield sono effettuate in lingua inglese.
Il Programma è diretto a diverse tipologie di partecipanti:
• Laboratori Clinici di primo e secondo livello
• Laboratori Accademici e di Ricerca
• Produttori e venditori di sistemi diagnostici in vitro (IVD)
• Laboratori Farmaceutici
Cadenza degli esercizi: un preparato cellulare liofilizzato (da linea cellulare o da materiale proveniente da pazienti) o un campione di DNA in Tris-EDTA, viene inviato due volte all’anno. Ogni campione è accompagnato da un breve scenario clinico, per guidare l’allestimento del pannello e l’analisi bioinformatica.
Ai partecipanti viene chiesto di analizzare il campione con il proprio pannello in-house e di riportare ogni variante clinicamente significativa riguardante elementi intragenici e/o regolatori, come sostituzioni nucleotidiche, micro-inserzioni, micro-delezioni o eventi di duplicazione, assieme a dettagli sulla metodologia utilizzata. Non è richiesto di riportare risultati relativi a grandi variazioni dell’architettura genomica o a cambiamenti maggiori del numero di copie >50kb. Le istruzioni per la conservazione, ricostituzione e uso dei campioni sono riportate nei fogli di accompagnamento.
Aggiornamenti previsti per il 2026 e per il futuro: un esercizio all’anno sarà dedicato a riassumere le varianti identificate dai partecipanti, con analisi degli aspetti metodologici e della nomenclatura utilizzata. In altri esercizi potrà essere incluso materiale educazionale relativo allo studio delle modalità di interpretazione e classificazione delle varianti riscontrate. UK NEQAS LI pubblicherà dei report ad interim per mostrare l’analisi preliminare dei risultati, seguiti da documenti aggiuntivi con informazioni che saranno utili ai fini educazionali. Ci rendiamo conto che la buona pratica di laboratorio nell’analisi e nell’interpretazione clinica di grandi pannelli genici è un settore ancora giovane e in continua evoluzione. Si consiglia di riferirsi a questo articolo per utilizzare la nomenclatura standard da impiegare nella classificazione delle varianti: Li M.M. et al. Standards and Guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer. J Mol Diagn 2017 Jan; 19(1), 4-23.
Riferimenti:
Khoury, J.D., Solary, E., Abla, O. et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 36, 1703–1719 (2022).
Arber, D.A. et al. International Consensus Classification of Myeloid Neoplasms and Acute Leukemias: integrating morphologic, clinical, and genomic data. Blood 140, 1200-1228 (2022).
